1984年，科与毛里求斯建交，两国签有卫生和文教合作等协定。近年，科提出向毛学习经济建设经验，赴毛人员渐增。1999年4月科发生军事政变后，毛予以谴责并停止对科援助。毛还积极响应非统呼吁对昂儒昂岛采取禁运等制裁方法。2003年，马达加斯加和毛里求斯积极参与推动科民族和解进程，在两国与南非共同协调下，科联盟政府与三岛达成《科摩罗过渡方法协议》。
2003年10月，科主持召开了印度洋委员会部长理事会特别会议。
【科摩罗国旗国徽】
绿色与新月象征穆斯林国家，也代表国名为“月亮群岛”之意；四颗五角星以及四横条都是代表组成国家的四大岛：黄色代表莫埃利岛，白色代表马约特岛，红色代表昂儒昂岛，蓝色代表大科摩罗岛。绿色与新月象征穆斯林国家，也代表国名为“月亮群岛”之意；四颗五角星代表组成国家的莫埃利、马约特、昂儒昂、大科摩罗四大岛。环绕的文字是法文与阿拉伯文国名“科摩罗伊斯兰联邦共和国”；底部的文字为“团结、正义、进步”。
【法科“马约特岛”问题】
马约特（Mayotte）岛位于莫桑比克海峡，与大科摩罗岛、昂儒昂岛、莫埃利岛共同组成科摩罗群岛。马岛面积374平方公里，居民约14万人，经济以农业为主，主要生产香子兰等香料，目前仍被法国占领。
马岛于1841年沦为法殖民地。1974年12月，科四岛就独立问题举行全民公决，95.96％的居民赞成独立，但大部分马岛居民反对独立。法借此提出科四岛分别就独立问题重新投票。1975年7月6日科自治政府宣布包括马岛在内的整个科群岛独立。联合国于1975年11月12日通过3385号决议承认科领土由大科摩罗、昂儒昂、莫埃利和马约特四岛组成。法虽同意科独立，但坚持马岛前途由马民众自决。1976年12月，马岛就独立问题再次举行公民投票，99.4％的民众选择留在法国，法遂确定马岛为“法兰西共和国领地行政单位”（CollectiviteTerritoriale）。法在该岛设有海军基地。从1995年1月20日起，法决定科摩罗人进入马岛需办理签证。近年，法正着手将马岛由法的“海外领地”变为“海外省”。
历届科政府均要求法归还马岛。联合国和非洲统一组织多次通过决议，重申马约特是科领土，科对马岛拥有主权。
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