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1568 年，荷兰宣布独立，从而摆脱西班牙的统治，并于 1602 成立荷兰东印度企业，总部设在荷兰的阿姆斯特丹。1602年3月20日荷兰议会颁布的《企业成立特许令》规定，荷兰东印度企业被授予荷兰共和国到好望角以东以及经由麦哲伦海峡的为期 21 年的船运贸易垄断权。换句话说，荷兰东印度企业不仅是商业企业，还是代表国家权力，不仅拥有独占好望角以东，麦哲伦海峡以西的贸易权，而且还拥有荷兰共和国所承认的交战和缔结和约的权力。 面对新变化，一度矛盾重重的西班牙和葡萄牙，出于宗教和世俗利益的考虑，不断向幕府中伤荷兰和英国，说“他们是异端和海盗，没有人比他们更坏，很早以来，他们就在近海和南方群岛各地充当海盗”。 面对西班牙和葡萄牙传教士的指控，英国和荷兰两国也针锋相对，说他们以传教为名，实际上是为了扩张海外殖民地。最终英国和荷兰赢得幕府的信任，开始在平户建立商馆，从事贸易。应该说，英国和荷兰最终获胜，是出于幕府的自主选择。英荷的到来，为幕府提供新的选择。幕府既可以获得贸易利益，又可以不必忍受“像虫子一样讨厌，但关于生意有用”的天主教传教士。英国因没能获得预期的利益，于 1623 年撤销了商馆，专注于印度事务。在幕府的支持下，荷兰在对日贸易中获得巨大利润。 荷兰的到来，为幕府提供了新的选择，使得其对传教士和教徒的迫害逐步升级。荷兰人也信奉基督教，但正如坎培尔在《论荷兰对日贸易》中指出的，“由于我们害怕像葡萄牙人一样被逐出这个宝库，迫使我们不得不在 1638 年帮助日本人围攻岛原并帮助日本人杀害了几万个基督徒”。 荷兰人为了本国利益帮助幕府镇压岛原起义，并在此后，避免在公开场合进行宗教仪式，并摒除了基督教的一切外部标志，笔者认为这可能是荷兰人赢得幕府信任的一个重要原因。 尽管如此，荷兰人还是受到了幕府禁教的波及 |
